新研究发现基因芯片筛选罕见变异时，错误率超84%

南加州大学凯克医学院人类遗传学家Charleston Chiang强调，这篇论文提高了人们对直接面对消费者（direct-to-consumer，DTC）基因检测行业的一个潜在问题的认识。不可靠的结果传到客户那里，他们可以从字面上解释这些罕见变异的结果，而不需要考虑任何可能的实验室错误，这将是一个合理的担忧。

这项研究中测试的芯片由制造商Affymetrix提供，该公司为Thermo Fisher Scientific所有。这些特定的芯片被一些DTC基因检测公司使用，比如LivingDNA，客户可以将这些公司的原始数据上传到第三方服务公司，这些第三方服务声称能根据一个人的遗传密码进一步推断出他的健康状况。此类服务数量众多、价格低廉或免费，而且基本上不受监管。虽然这些公司警告消费者不要把他们的检测结果当作一种医学诊断，但对所有消费者来说，可能并不这样认为。

研究报告的合著者、埃克塞特大学医学与健康学院的遗传学家Caroline Wright表示，即使是声称芯片分析精确度更高的DTC基因检测公司MyHeritage和23andMe来说，非常罕见的变异也很容易出现这种假阳性。

为了调查Affymetrix芯片的准确性，Wright和她的同事评估了来自英国开放存取生物库的5万名参与者的数据。他们发现，尽管在基因变异普遍在0.1%以上个体中流行的基因变异99%以上的可被准确地检测到，但在不到0.001%的人群中发现的，归类为非常罕见的变异，通过测序验证，假阳性率超过84%。

简单说，变异越少，(结果)准确的可能性就越小。Thermo Fisher Scientific也没有在截止日期前回复记者的多次置评请求。希望这项研究的结果能让这些邮寄基因测试的消费者和临床医生都能看到。

这种罕见变异的一个例子是与乳腺癌和卵巢癌相关的BRCA基因变异。已知的BRCA1和BRCA2的变异有数千种，每一种都非常罕见。拥有1.05亿用户的在线家谱平台MyHeritage今年5月宣布，将扩大DNA检测服务，提供包括遗传性乳腺癌遗传风险在内的健康报告。2018年3月，在全球拥有1000多万客户的23andMe也宣布，他们已获得美国食品和药物管理局(FDA)的授权，开始为在BRCA1和BRCA2基因上发现的三种基因变体提供DTC基因检测。

MyHeritage意识到了这项研究所强调的问题。该公司在一份电子邮件声明中写道，公司研究人员“因此开发了多个层次，大大提高了MyHeritage BRCA测试的(阳性预测值)。”员工使用测序技术反复检查和验证每一个潜在的致病变异。此外，他们平均每个BRCA变异有2.6个DNA探针，而这篇论文只研究了一个探针，多个探针可提高准确度。

23andMe也在给出变异报告之前对BRCA基因进行了测序，并进一步指出，消费者不应该相信来自第三方服务的结果。该公司原始数据“不应用于教育和研究以外的任何用途”，也不应被视为医学或诊断证据。