父系遗传的Y染色体上的位点会不会跟母系的X染色体上的同源位点发生少量等位交换，进而影响Y祖源的分析结果？

性染色体上的基因可以被分为两个主要的功能区:1.执行普通的编码功能、负责生产蛋白质的区域被称为拟常染色体区

人类Y染色体DNA大约包含六千万个碱基对，其中染色体两端的5%为拟常染色体区域(pseudoautosomal region)，在传代过程中与X染色体相应区段会发生重组，而主干部分的95％为非重组区域(NRY, non-recombinating portion of Y chromosome)，不与任何染色体发生重组。所以，Y染色体主干部分的此特性，保证了子代能完整地继承父代的Y染色体主干而不受混血影响，保证了Y染色体主干的严格父系遗传。

用来分析祖源的位点不在拟常染区，因此不会的