@在寂寞中思索: 我听一位genealogist讲,23andMe在开始使用其v4芯片前(2013年底),没有对Y染色体探针的定位做认真的试验,造成了Y染色体位点测试的可靠性低;该公司的解决办法是只报信号可靠的检验结果,导致Y染色体位点的未检出率极高(45%-50%)。WeGene比23andMe测的Y染色体位点要多得多(约9倍),但由于芯片是不久前才定制的,又有很多新颖的位点,可靠性也偏低。WeGene的策略看来是发挥其测试位点多的长处,信号不太可靠的也报,靠比较阳性位点与阴性位点的比例而确定一个客户的单倍群。这个策略在多数情况下显然比较有效,但在一个单倍群的所知位点数少的情况下就很可能遇到困难。如果你想查明你的单倍群是否属于某个更下游的分支,你可到YSEQ去查一下,其成本一般会比Family Tree DNA低得多。
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WeGene的测试结果把我的父系单倍群从23andMe的测试结果往下游推了3步(从第4个字母到第7个字母),但在第8个字母上遇到了一些困难。最初的结果把我的单倍群推到了第8个字母,但在原始数据出来后,有一个关键的位点从有结果变成了无结果,又把我的单倍群拉回到了第7个字母。此后,我在YSEQ测了6个下游的位点,结果把我的单倍群又往下游推了两步,到了第9个字母,而且排除了一个下游的分支。目前,YSEQ的测试结果已让我在2016年ISOGG的Y树上找到了我的单倍群的终端;当然,随着Y树研究的扩展,很可能会有更新的下游分支被发现。
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跟LZ交流过好几次,我们发现了这个地方的一些问题。但如传超所说,我们内部的讨论一直在进行。我没有及时反馈给LZ,很抱歉。
CEO同学已经批评过俺了,他会跟楼主联系处理的。
抱歉~~
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我们在接到您的反馈后第一时间(9月6日 15:30)专门讨论了您的Y分型情况,我也去查了您的原始数据并亲自核对了您的SNP突变情况,之所以无法准确对您的结果进行更下游分型的原因是您在D1a-F6251/Z27276以及D1b-P190上都有突变,并在D1a的下游D1a2-P99以及D1b2-Z14793, CTS3879, CTS8635, Z17171, Z1518上也分别有突变,原因可以归为两个:一是数据质量造成的假阳性,二是现有Y谱系树在这些下游位点上准确性不够。我们当时的结论是该样本属于D1但现阶段无法判断其属于D1a还是D1b。非常歉意的是我们讨论之后没有及时向您反馈,对不起!
D1a下游单倍群的判别的特殊之处在于没有足够多的位点,D1a仅有F6251/Z27276, Z27283两个可用位点,D1a1仅有M15这一个位点,D1a2也是仅有P99这一个位点,假如恰恰这几个位点上数据质量不好的话会对判别造成极大影响。而且对您的情况而言,在D1b2的下游您显示阳性的两个位点已在新版本的ISOGG上被移除,原因是不适合作为谱系识别位点,也就是说WeGene检测了非常多的位点,这些位点现阶段在Y谱系树上的拓扑位置并不都是100%确定的而是在不断更新的,相信后续会有更多的位点在谱系树上的位置被证明或证伪,能够进一步对您的Y进行更精细分型。
removed Z1515, Z14798, Z14799, Z14793, Z3801, Z3827, Z14795 not meeting quality guidelines on 4 June 2016.
Removed CTS7457, Z3822, Z14800, Z17171, CTS2259, CTS2940, Z14791, CTS11619, Z1507, Z14783, Z14784, Z24788 not meeting quality guidelines on 5 June 2016
再次对没有跟您及时反馈讨论结果而表示歉意!
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