利用Python读取fasta文件并进行一系列操作（上）

概述：
语言：python3.8
模块：pysam，collections
可选：jupyter noebook
整体思路：将fasta格式的基因原始数据处理为方便读写的txt格式并进行操作
步骤：
1. 获取自己的fasta文件（这里我将从NCBI上下载人类的ABO基因参考序列的fasta文件为例）


 
2. 利用pysam模块的FastaFile函数读取fasta，之后即可获取fasta的基本信息：filename 文件名，references 染色体编号（因为这里我下载的是ABO基因的fasta，所以不是染色体编号），nreferences 染色体数，lengths 每条染色体长度（这个非常重要！）


 
3. 通过判断输出的长度，我们知道了这个ABO基因的长度值为42144，我们再利用fetch函数获取ABO基因碱基序列（注意索引是从0开始）
 
4. 我们的最终目的是要输出txt，所以就需要将我们的碱基序列写到txt上


 
5. 我们可以利用我们输出的txt来做点事情，例如看看这个序列中各种碱基数量，先读取文件，再处理为列表，利用collection模块的Counter函数来输出结果


 
更多操作将在下篇解锁！