梦之谜踪 梦之谜踪 - 胡建人 综合讨论组

口水厂的测序技术啥时候能把那剩下的8%也测序出来

一支国际研究团队3月31日正式发布人类基因组完整图谱,补全先前相关研究缺失部分,有助科学家进一步解开人类生命密码。
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2022-04-06 • IP属地深圳 • 发自微基因APP
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梦之谜踪 - 胡建人
我们的全基因组检测,是对送检样本的所有DNA进行测序,然后再进行相关的数据分析,以及根据各种研究发现的结果进行解读,生成报告。
所以,在检测方面,原始数据是包含了所有已知的、未知的DNA的,所以也检测了这8%的“空白间隙”,所以才叫“全基因组测序”whole genome sequencing。

不过,需要说明的是,这部分8%的DNA序列,几乎都是没有基因的区域(端粒、着丝粒等位置),特征上几乎都是不断重复的序列。
对于研究人员来说,这8%的补全很重要、是很多研究的开始,这部分的生物学意义可能没有编码蛋白的基因重要、也可能有潜在的重要功能,目前来说对于其生物学意义还未全部解析清楚;所以在WeGene的报告中,暂时是没有涉及这些区域的分析和解读,

因为我们检测包含了这部分信息,如果之后科学家们基于这些区域有新的科学发现,我们的全基因组数据是可以依据新发现的内容,来更新解读报告的。这也是全基因组测序的优势之一。
需要等到支持T2T-CHM13的芯片开发出来,以及等到出现像GRCh37/GRCh38那样的T2T专用dbSNP位点库
另外如果您测的是全基因组的话,也能试下将BAM/CRAM文件转成FASTQ,然后用bwa mem的方式将序列重编排到T2T-CHM13 v2.0参考,sort后提取VCF文件。但现在来看即使有这8%对应的数据也缺少足够的研究资料

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