【微解读】Y父系/mt母系单倍群分型(参考MF树,2025年12月更新)
https://www.wegene.com/crowdsourcing/details/1265
2025年12月更新,共50,322个Y单倍群,420,590个Y-SNP,20,935个高通样本,2,536个家族。此单倍群分型参考国内知名基因机构MF的父系/母系单倍群树,采用高效合理的分型算法策略,可快速准确的推断Y父系单倍群和mt母系单倍群,并每月与其单倍群树同步更新。
为什么会有多个单倍群分型结果?
分型结果以SNP突变数,层级和可信度排序,列出可能性最大的五个单倍群。SNP突变数表示用户发生的Derived突变数,层级表示分型单倍群距离ROOT根节点的距离,可信度表示用户发生的Derived突变数相比已检测位点数的比例,并考虑单倍群层级,数值越高,分型结果越可靠。
分型结果为什么和直接在其他机构检测的结果不一致?
由于各家基因机构使用的基因检测方法不同(芯片检测或NGS/WGS测序),检测的SNP位点也大不同。且MF对于测序新发现的私有SNP位点,会定义新的单倍群分支,并更新自己的单倍群树。而微基因的芯片检测并不包含其他机构新增的SNP位点(比如MFxxx),所以使用微基因数据无法分型到这些新增单倍群(全部都是新增的SNP),但如果新增的单倍群中既有新增的SNP,也有微基因的SNP,则微基因用户可以分型到此新增的单倍群,比如某个新增的单倍群是MFxxx(含有两个SNP:MFxxx和M268),那么带有突变M268的微基因用户也可以分型到此单倍群MFxxx。因此,微基因用户通过此计算器参考其他机构单倍群树的分型结果,与用户在其他机构的直接检测结果可能任然稍有差异,但一般情况下只是终端单倍群略有差异,主干单倍群还是一致的。同一个人,在不同基因机构的单倍群结果的不同,并不是分析错误,而是不同基因机构的SNP位点范围不同导致的结果。
2025年12月更新,共50,322个Y单倍群,420,590个Y-SNP,20,935个高通样本,2,536个家族。此单倍群分型参考国内知名基因机构MF的父系/母系单倍群树,采用高效合理的分型算法策略,可快速准确的推断Y父系单倍群和mt母系单倍群,并每月与其单倍群树同步更新。
为什么会有多个单倍群分型结果?
分型结果以SNP突变数,层级和可信度排序,列出可能性最大的五个单倍群。SNP突变数表示用户发生的Derived突变数,层级表示分型单倍群距离ROOT根节点的距离,可信度表示用户发生的Derived突变数相比已检测位点数的比例,并考虑单倍群层级,数值越高,分型结果越可靠。
分型结果为什么和直接在其他机构检测的结果不一致?
由于各家基因机构使用的基因检测方法不同(芯片检测或NGS/WGS测序),检测的SNP位点也大不同。且MF对于测序新发现的私有SNP位点,会定义新的单倍群分支,并更新自己的单倍群树。而微基因的芯片检测并不包含其他机构新增的SNP位点(比如MFxxx),所以使用微基因数据无法分型到这些新增单倍群(全部都是新增的SNP),但如果新增的单倍群中既有新增的SNP,也有微基因的SNP,则微基因用户可以分型到此新增的单倍群,比如某个新增的单倍群是MFxxx(含有两个SNP:MFxxx和M268),那么带有突变M268的微基因用户也可以分型到此单倍群MFxxx。因此,微基因用户通过此计算器参考其他机构单倍群树的分型结果,与用户在其他机构的直接检测结果可能任然稍有差异,但一般情况下只是终端单倍群略有差异,主干单倍群还是一致的。同一个人,在不同基因机构的单倍群结果的不同,并不是分析错误,而是不同基因机构的SNP位点范围不同导致的结果。
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