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金刚石
祖源分析
str推测snp的准确性到底有多大?
用自己17个str的数值,发现匹配5-6以内的个体o2*,o2a,c3,d1都有,但匹配3步之内的都是o2*,和曹操的差了4步,是否可以用str确定snp是o2*?这个准确性能有90%吗?
有没有str一样而snp不同的情况呢?
2016-04-26 • IP属地北京
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3 个回复
wang
-
哈佛医学院、德国马普所分子人类学博士后
1. Y-STR预测SNP是一条可行但不准确的方法,尤其是难以区分下游支系;
2. 你的情况难以确定是否属于O2*,因为相差的位点数目是一方面,另外还要看相差位点的突变率,不同STR的突变率相差较大;
3. 有没有str一样而snp不同的情况呢?这要看你比较多少个STR位点以及要看多下游的snp。
我有篇论文专门讨论STR预测SNP的,供参考:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852715000569
要确切知道自己的Y类型只有测SNP。
费力科思
-
WeGene勤杂工
STR很难推测SNP吧
wang
-
哈佛医学院、德国马普所分子人类学博士后
如果确实要预测SNP,可把你的STR数据发我,我帮你在我搜集的数据库里匹配一下,我搜集的数据应该比你手上现用的要全面一些,email: chuan-chao_wang@hms.harvard.edu
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金刚石
祖源分析
3945 个讨论
3 个回复
2. 你的情况难以确定是否属于O2*,因为相差的位点数目是一方面,另外还要看相差位点的突变率,不同STR的突变率相差较大;
3. 有没有str一样而snp不同的情况呢?这要看你比较多少个STR位点以及要看多下游的snp。
我有篇论文专门讨论STR预测SNP的,供参考:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852715000569
要确切知道自己的Y类型只有测SNP。
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